肿瘤新抗原的发现流程是一个复杂且精细的操作过程，它融合了高通量测序技术、生物信息学分析以及实验验证等多个环节。以下为其概括性流程：
一、样本采集与处理
1. 样本采集：首先，需从患者处获取肿瘤组织样本，有时也需采集正常组织样本作为对照。
2. 样本处理：对采集到的样本进行 DNA/RNA 提取，确保提取的核酸质量能够满足后续实验的要求。
二、高通量测序
1. 全基因组测序 / 外显子组测序：运用高通量测序技术对肿瘤样本的 DNA 进行全基因组测序或外显子组测序，以识别肿瘤细胞中的体细胞突变。
2. 转录组测序：对肿瘤样本的 RNA 进行转录组测序，获取肿瘤细胞的基因表达谱，这有助于了解哪些突变基因被转录成了 mRNA，进而可能产生肿瘤新抗原。
三、生物信息学分析
1. 变异识别：通过生物信息学工具对测序数据进行处理，识别出肿瘤样本中的单核苷酸变异（SNVs）、插入 / 缺失突变（Indels）、基因融合、转录组选择性剪接、RNA 编辑等非同义突变。
2. 新抗原预测：利用特定的算法和数据库（如 IEDB、NetMHCpan 等），预测这些突变产生的肽段（通常为 8 - 11 个氨基酸长）是否与患者的主要组织相容性复合物（MHC）分子具有高亲和力，从而可能成为肿瘤新抗原。
3. 优先级排序：根据预测的亲和力、突变频率、克隆性等因素，对候选新抗原进行优先级排序，筛选出最有可能引发有效免疫应答的新抗原。
四、实验验证
1. 体外实验：通过酶联免疫斑点试验（ELISPOT）、四聚体染色等技术，在体外检测 T 细胞对新抗原肽段的反应性，以验证其免疫原性。
2. 体内实验（可选）：在动物模型中进行体内实验，进一步评估新抗原疫苗或 T 细胞疗法的有效性和安全性。
五、临床应用
1. 个性化疫苗设计：基于验证有效的新抗原，设计个性化的肿瘤疫苗，包括多肽疫苗、核酸疫苗（DNA/mRNA 疫苗）和树突状细胞（DC）疫苗等。
2. 免疫治疗：将设计好的疫苗或 T 细胞疗法应用于患者，激活患者的免疫系统，特异性地攻击肿瘤细胞。
六、持续优化与改进
随着研究的深入以及技术的进步，需要不断优化新抗原发现的流程，提高预测的准确性和效率。例如，通过积累更多的验证性数据来训练预测算法，开发新的生物信息学工具和实验技术以提高新抗原的识别率和验证效率等。
综上所述，肿瘤新抗原发现的流程是一个高度跨学科的过程，需要分子生物学、生物信息学、免疫学等多个领域紧密合作。随着技术的不断进步和研究的深入，我们有理由相信肿瘤新抗原将在癌症精准医疗中发挥越来越重要的作用。
一、样本采集与处理
1. 样本采集：首先，需从患者处获取肿瘤组织样本，有时也需采集正常组织样本作为对照。
2. 样本处理：对采集到的样本进行 DNA/RNA 提取，确保提取的核酸质量能够满足后续实验的要求。
二、高通量测序
1. 全基因组测序 / 外显子组测序：运用高通量测序技术对肿瘤样本的 DNA 进行全基因组测序或外显子组测序，以识别肿瘤细胞中的体细胞突变。
2. 转录组测序：对肿瘤样本的 RNA 进行转录组测序，获取肿瘤细胞的基因表达谱，这有助于了解哪些突变基因被转录成了 mRNA，进而可能产生肿瘤新抗原。
三、生物信息学分析
1. 变异识别：通过生物信息学工具对测序数据进行处理，识别出肿瘤样本中的单核苷酸变异（SNVs）、插入 / 缺失突变（Indels）、基因融合、转录组选择性剪接、RNA 编辑等非同义突变。
2. 新抗原预测：利用特定的算法和数据库（如 IEDB、NetMHCpan 等），预测这些突变产生的肽段（通常为 8 - 11 个氨基酸长）是否与患者的主要组织相容性复合物（MHC）分子具有高亲和力，从而可能成为肿瘤新抗原。
3. 优先级排序：根据预测的亲和力、突变频率、克隆性等因素，对候选新抗原进行优先级排序，筛选出最有可能引发有效免疫应答的新抗原。
四、实验验证
1. 体外实验：通过酶联免疫斑点试验（ELISPOT）、四聚体染色等技术，在体外检测 T 细胞对新抗原肽段的反应性，以验证其免疫原性。
2. 体内实验（可选）：在动物模型中进行体内实验，进一步评估新抗原疫苗或 T 细胞疗法的有效性和安全性。
五、临床应用
1. 个性化疫苗设计：基于验证有效的新抗原，设计个性化的肿瘤疫苗，包括多肽疫苗、核酸疫苗（DNA/mRNA 疫苗）和树突状细胞（DC）疫苗等。
2. 免疫治疗：将设计好的疫苗或 T 细胞疗法应用于患者，激活患者的免疫系统，特异性地攻击肿瘤细胞。
六、持续优化与改进
随着研究的深入以及技术的进步，需要不断优化新抗原发现的流程，提高预测的准确性和效率。例如，通过积累更多的验证性数据来训练预测算法，开发新的生物信息学工具和实验技术以提高新抗原的识别率和验证效率等。
综上所述，肿瘤新抗原发现的流程是一个高度跨学科的过程，需要分子生物学、生物信息学、免疫学等多个领域紧密合作。随着技术的不断进步和研究的深入，我们有理由相信肿瘤新抗原将在癌症精准医疗中发挥越来越重要的作用。